Ninjutsu to najbardziej popularna sztuka walki shinobi. Ninjutsu ma w swoim asortymencie jutsu ofensywne, oraz defensywne. Do ich wykonania potrzebna jest kumulacja chakry, wykonanie pieczęci i uwolnienie chakry.

Sztuka ninjutsu:
- koszty chakry jutsu rangi C i niższych zmniejsza się o połowę,
- uczymy się NinJutsu rangi C i mniejszych za połowę PD,
- wszystkie ninjutsu są silniejsze